根據《財政部?交通運輸部?稅務總局關于海南自由貿易港國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕41號）、《財政部?交通運輸部?稅務總局關于中國（上海）自由貿易試驗區臨港新片區國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕52號）規定，稅務總局制定了《國際運輸船舶增值稅退稅管理辦法》，現予以發布。
特此公告。
國家稅務總局
2020年12月2日
國際運輸船舶增值稅退稅管理辦法
第一條?為規范國際運輸船舶增值稅退稅管理，根據《財政部?交通運輸部?稅務總局關于海南自由貿易港國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕41號）、《財政部?交通運輸部?稅務總局關于中國（上海）自由貿易試驗區臨港新片區國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕52號）規定，制定本辦法。
第二條?運輸企業購進符合財稅〔2020〕41號文件第一條或者財稅〔2020〕52號文件第一條規定條件的船舶，按照本辦法退還增值稅（以下簡稱“船舶退稅”）。
應予退還的增值稅額，為運輸企業購進船舶取得的增值稅專用發票上注明的稅額。
第三條?主管運輸企業退稅的稅務機關（以下簡稱“主管稅務機關”）負責船舶退稅的備案、辦理及后續管理工作。
第四條?適用船舶退稅政策的運輸企業，應于首次申報船舶退稅時，憑以下資料及電子數據向主管稅務機關辦理船舶退稅備案：
（一）內容填寫真實、完整的《出口退（免）稅備案表》及其電子數據。該備案表由《國家稅務總局關于出口退（免）稅申報有關問題的公告》(2018年第16號)發布。其中，“是否提供零稅率應稅服務”填寫“是”；“提供零稅率應稅服務代碼”填寫“01（國際運輸服務）”；“出口退（免）稅管理類型”填寫“船舶退稅運輸企業”；其他欄次按填表說明填寫。
（二）運輸企業從事國際運輸和港澳臺運輸業務的證明文件。從事國際散裝液體危險貨物和旅客運輸業務的，應當提供交通運輸管理部門出具的《國際船舶運輸經營許可證》復印件(復印件上應注明“與原件一致”，并加蓋企業公章，下同)；從事國際集裝箱和普通貨物運輸的，應提供交通運輸管理部門的備案證明材料復印件。從事內地往返港澳散裝液體危險貨物和旅客運輸業務的，應提供交通運輸管理部門出具的批準文件復印件；從事內地往返港澳集裝箱和普通貨物運輸的，應提供交通運輸管理部門出具的備案證明材料復印件；從事大陸與臺灣地區間運輸的，應提供《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》及《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》復印件。
上述資料運輸企業可通過電子化方式提交。
第五條?本辦法施行前，已辦理出口退（免）稅備案的運輸企業，無需重新辦理出口退（免）稅備案，按照本辦法第四條規定辦理備案變更即可。
運輸企業適用船舶退稅政策的同時，出口貨物勞務或者發生增值稅零稅率跨境應稅行為，且未辦理過出口退（免）稅備案的，在辦理出口退（免）稅備案時，除本辦法第四條規定的資料外，還應按照現行規定提供其他相關資料。
第六條?運輸企業備案資料齊全，《出口退（免）稅備案表》填寫內容符合要求，簽字、印章完整的，主管稅務機關應當予以備案。備案資料或填寫內容不符合要求的，主管稅務機關應一次性告知運輸企業，待其補正后再予以備案。??
第七條?已辦理船舶退稅備案的運輸企業，發生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸（或港澳臺運輸）業務等情形，不再符合財稅〔2020〕41號文件、財稅〔2020〕52號文件退稅條件的，應自條件變化之日起30日內，持相關資料向主管稅務機關辦理備案變更。自條件變更之日起，運輸企業停止適用船舶退稅政策。
未按照本辦法規定辦理退稅備案變更并繼續申報船舶退稅的，主管稅務機關應按照本辦法第十四條規定進行處理。
第八條?運輸企業船舶退稅的申報期限，為購進船舶之日（以發票開具日期為準）次月1日起至次年4月30日前的各增值稅納稅申報期。
第九條?運輸企業在退稅申報期內，憑下列資料及電子數據向主管稅務機關申請辦理船舶退稅：
（一）財稅〔2020〕41號文件第三條第1項、第2項規定的資料復印件，或者財稅〔2020〕52號文件第三條第1項、第2項規定的資料復印件。其中，已向主管稅務機關提供過的資料，如無變化，可不再重復提供。
（二）《購進自用貨物退稅申報表》及其電子數據。該表在《國家稅務總局關于發布〈出口貨物勞務增值稅和消費稅管理辦法〉的公告》(2012年第24號)發布。填寫該表時，應在業務類型欄填寫“CBTS”,備注欄填寫“船舶退稅”。
（三）境內建造船舶企業開具的增值稅專用發票及其電子信息。
（四）主管稅務機關要求提供的其他資料。
上述增值稅專用發票，應當已通過增值稅發票綜合服務平臺確認用途為“用于出口退稅”。上述資料運輸企業可通過電子化方式提交。
第十條?運輸企業申報船舶退稅，主管稅務機關經審核符合規定的，應按規定及時辦理退稅。審核中發現疑點，主管稅務機關應在確認運輸企業購進船舶取得的增值稅專用發票真實、發票所列船舶已按規定申報納稅后，方可辦理退稅。
第十一條?運輸企業購進船舶取得的增值稅專用發票，已用于進項稅額抵扣的，不得申報船舶退稅；已用于船舶退稅的，不得用于進項稅額抵扣。
第十二條?已辦理增值稅退稅的船舶發生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸（或港澳臺運輸）業務等情形，不再符合財稅〔2020〕41號文件、財稅〔2020〕52號文件退稅條件的，運輸企業應在條件變更次月納稅申報期內，向主管稅務機關補繳已退稅款。未按規定補繳的，稅務機關應當按照現行規定追回已退稅款。
應補繳稅款＝購進船舶的增值稅專用發票注明的稅額×（凈值÷原值）
凈值＝原值-累計折舊
第十三條?已辦理增值稅退稅的船舶發生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸（或港澳臺運輸）業務等情形，不再符合財稅〔2020〕41號文件、財稅〔2020〕52號文件規定，并已經向主管稅務機關補繳已退稅款的運輸企業，自取得完稅憑證當期起，可憑從稅務機關取得解繳稅款的完稅憑證，從銷項稅額中抵扣完稅憑證上注明的增值稅額。
第十四條?運輸企業采取提供虛假退稅申報資料等手段，騙取船舶退稅的，主管稅務機關應追回已退稅款，并依照《中華人民共和國稅收征收管理法》有關規定處理。
第十五條?本辦法未明確的其他退稅管理事項，按照現行出口退（免）稅相關規定執行。
第十六條?符合財稅〔2020〕41號文件規定情形且《船舶所有權登記證書》的簽發日期在2020年10月1日至2024年12月31日期間的運輸企業，以及符合財稅〔2020〕52號文件規定情形且《船舶所有權登記證書》的簽發日期在2020年11月1日至2024年12月31日期間的運輸企業，按照本辦法辦理船舶退稅相關事項。
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